中央本部は、2016年11月、2017年３月末で閉鎖が予定されている事業所等で対策会議を開催した。

対象は、「香川用水土器川沿岸農業水利事業所」「紀伊平野農業水利事業建設所」「亘理・山元土地改良建設事業建設所」「斐伊川沿岸農業水利事業所」「和賀中部農業水利事業所」。

各会議では、組合員から事業終了までの業務運営や予算確保、超過勤務の増大、人事異動など、具体的な課題・意見が出された。なお、会議後にはとりまとめた要請書を中央本部が農林水産省当局に提出するとともに、該当分会は当該職場からの意見等を取りまとめた要請書を対応当局に提出した。